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Seguramente le estés diciendo al globalmapper que las ponga. Mira a ver que opciones tienes marcadas, hay una que creo que es para que salga el margen, las lineas que dices y la escala.

Seguiré enredando otro rato,pero para que me salga bien el recorte al pasarlo a Jnx tengo que crear un área y seleccionar en Export Bounds-"Crop to select area feature" y en Garmin Opcions "Save vector data if displayed",pero me salen los recuadros,si quito "Save vector data if displayed" se me quitan los recuadros pero me sale los márgenes
En Map Loyout Setup,tengo los mágenes a 0 y deseleccionados

Ya lo he conseguido,despues de desinstalar el GlobalMapper y quitar con el "regedit" en Windows todo lo referente al programa.Lo he vuelto a instalar,en Garmin Opcions dejo todos los cuadrados desactivados y Export Bounds dejo activado All Load Data y ya me los hace bien